Labuan Bajo merupakan salah satu desa dari 19 desa dan kelurahan yang berada di kecamatan Komodo, Kabupaten Manggarai Barat, provinsi Nusa Tenggara Timur, Indonesia. Labuan Bajo sebelumnya adalah kelurahan sekaligus ibu kota Kecamatan Komodo dan juga merupakan ibu kota Kabupaten Manggarai Barat, Nusa Tenggara Timur, Indonesia. Sekarang dikembangkan menjadi Kota Labuan Bajo.

Wilayahnya meliputi; Kampung Ujung, Kampung Tengah, Kampung Air, Lamtoro, Wae Kelambu, Wae Medu, Cowang Dereng, Wae Kesambi, Wae Bo, Lancang, Sernaru, Wae Mata, Pasar Baru, Pede, dan Gorontalo.